Dopo essere tornata dalla tomba di Horus, Lara scopre che l'amuleto recuperato è falso mentre l'originale è nascosto in Egitto ed aspetta ancora di essere ritrovato. Dopo alcuni studi Lara scopre che l'amuleto originale si trova nella tomba di Achnaton (probabilmente il padre del faraone Tutanchamon) ed il suo scopo è chiaro: quando Lara ha liberato Seth con l'amuleto falso ha anche azionato un meccanismo a tempo nell'amuleto originale, nascosto nella Valle dei Re. Dopo che questo meccanismo si arresterà Seth sarà totalmente libero e nessuno potrà più fermarlo. Così Lara viaggia fino alla tomba di Achnaton, per trovare l'amuleto originale e distruggerlo. Ma alcuni soldati di Von Croy sono ancora in Egitto e vedendo Lara tornare decidono di ucciderla immediatamente...

La vostra missione: trovare nelle rovine della città antica (sepolta nella Valle dei Re) la via segreta di accesso che conduce alla tomba di Achnaton, ma state attenti ai soldati del deserto che cercano vendetta..