Nel 1994 Lara scopre che la popolazione di una antica civiltà ha trovato cinque pietre sacre, ognuna col potere di un elemento ed inoltre ha scoperto che Von Croy ne ha già recuperate tre nascondendole nel suo laboratorio di ricerca situato a New York. Le pietre non avrebbero dovuto essere rimosse e se non vengono ritrovate e riportate nei templi d'origine accadranno grandi catastrofi.

Parte 2: Dopo aver raccolto la Fire Stone (Pietra del Fuoco) e la Water Stone (Pietra dell'Acqua), Lara va al VCI building per recuperare l'Ice Stone (Pietra del Ghiaccio) e la Nature stone (Pietra della Natura). All'interno della costruzione c'è il laboratorio di ricerca di Von Croy e molte guardie SaS a proteggere le pietre. L'ultima pietra, Wind Stone (Pietra del Vento) è già stata ritrovata dagli uomini di Von Croy e sta per essere riportata dal Tempio ai laboratori di ricerca..